學院有草業科學、水土保持與荒漠化防治、農業資源與環境、土地資源管理、資源環境與城鄉規劃管理5個本科專業，2005年新增設生態保護與資源利用試點本科專業。學院有草業科學、水土保持與荒漠化防治、生態學、草畜種質資源學、植物營養學、土壤學、野生動植物保護與利用、土地資源管理8個碩士學位授予點；草業科學、水土保持與荒漠化防治、土壤學、野生動植物保護與利用、草畜種質資源學5個博士學位授予點，草業科學學科和水土保持與荒漠化防治學科設有博士后流動站。

學院下設草地資源管理、牧草及藥用植物利用、水土保持與荒漠化防治、植物學、土壤與植物營養學、土地資源管理、資源環境與城鄉規劃管理7個教研室；草地資源、牧草生產、土壤學、植物學、地理信息系統、沙地生物資源保護6個實驗室。學院設有教育部與自治區共建的“草業與草地資源實驗室”、國家林業局開放性實驗室“沙地生物資源保護和培育實驗室”，“內蒙古自治區沙地（沙漠）生態系統與生態工程實驗室”和“內蒙古自治區草品種育繁工程技術研究” 和“內蒙古草業研究院”。2008年國家財政部批準設立與地方共建高校特色優勢學科“草地資源與保護”實驗室；2009年教育部批準設立“植物學實驗教學示范”建設單位。內蒙古農業大學沙漠治理研究所掛靠在該學院。在巴彥淖爾市磴口縣中國林業科學研究院沙漠林業實驗建有內蒙古農業大學實踐教學基地；“賽罕烏拉森林生態系統定位研究站”；在包頭苠仁藥業公司建有“中（蒙）藥材產、學、研示范基地，在校內、外建有牧草實驗實習基地等10個教學實習基地。